贮存环境：生物肥料耐低温，不耐高温，需要注意贮存的环境，以及贮存时间问题。
及时使用：有效期短，可于使用前2个月内购回，随购随用。
合理施用：要求严格按照说明书使用，例如喷施浓度、作业器具、施用时间。
与其他药、肥分施：生物肥料多为酸性，与化学肥料施用时会两败俱伤。
施用的连续性：长期的暴露会导致挥发，需要及时补施。
一、施用生物肥料的注意事项
1、注意贮存环境
通常生物肥料耐低温能力强，但抗高温能力弱，除观察商家贮存场所的环境条件外，购回的肥料也有一个短期贮存问题，如不得阳光直射、防止潮湿、干燥通风等。
2、注意及时使用
生物肥料的有效期较短，即使是复合型固体肥料，也不宜久存，通常可于使用前2个月内购回，若有条件，可随购随用。
3、注意合理施用
要根据生物肥料的特点并严格按说明书要求施用，尤其涉及喷施浓度、作业器具、施用时间等问题时，必须严格操作规程。
4、注意与其他药、肥分施
（1）生物肥料一般为酸性，并且在其微生物大量繁殖前群体弱小，易被杀伤或杀死。
（2）尤其在施用、化学肥料时，如同时施入，则两败俱伤，在没有弄清其它药、肥的性质以前，将生物肥料单独施用。
5、注意施用的连续性
（1）除基肥外，喷施生物肥时，效果当在数日内即较明显，此后能延续十几至几十天，随着微生物的长期暴露，尤其是高温条件的不适等，微生物群体衰退非常快，因此，应予及时补施，以确保其效果的连续性和有效性。
（2）比如蔬菜生长期内，每20天左右喷施一次，果树自坐果开始至收获前20天止，期间可喷3-5次，通常大田作物喷3次左右，即可取得较明显的增产增质效果。
二、生物肥料有哪些
生物肥料按种类分主要有：秸秆腐熟剂、畜禽粪便和有机垃圾发酵剂、微生物接种剂、光合细菌肥料、复合微生物肥料、“酵素菌”和“EM ”、乳酸菌有机肥、生物有机肥料等。
